表觀轉錄組調控之meRIP(m6A甲基化修飾)
2020.07.03
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RNA修飾過去的研究基礎是認為RNA在核酸結構上的化學微調,隨著科學技術發展以及相關產品化抗體出現,對RNA修飾的研究不只是停留在結構微調,當前發現RNA修飾在轉錄組水平廣泛存在,并且是可逆的動態調控狀態,參與生物進程鐘的多方面,包括:細胞分化、性別決定、腫瘤的發生和轉移、DNA的損傷修復等生物學功能,今天帶給大家的是RNA甲基化修飾研究內容。RNA甲基化發生在RNA分子上不同位置的甲基化修飾現象,常見的RNA轉錄后修飾方式有6-甲基腺嘌呤(N6-methyladenosine,m6A)和5-甲基胞嘧啶(5-methylcytidine,m5C)。


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1、技術簡介

甲基化RNA免疫共沉淀基于抗體(m6A)特異性結合甲基化修飾的堿基,以磁珠包被的抗體結合修飾RNA,通過免疫結合吸附,純化產物富集甲基化修飾片段,后續通過高通量測序,在全轉錄組范圍內研究發生甲基化的RNA區域,可以是lncRNA、mRNA、circRNA等。


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2、技術流程

? 細胞樣品m6A RNA表達量測定(dot-blot方法)

? 細胞裂解,獲取總RNA樣本

? M6a抗體IP沉淀結合與磁珠共價形成復合物

? 洗脫純化獲取甲基化修飾的RNA產物

? 高通量測序

? 生物信息學分析


3、技術應用

?? mRNA修飾

? 轉錄水平的調控

? 轉錄和翻譯過程的聯系


4、應用案例

m6A mRNA methylation regulates CTNNB1 to promote the proliferation of hepatoblastoma

作者選取肝母細胞癌未模型,在細胞水平研究上調m6A甲基化修飾和m6A因子,對肝癌HB細胞的生長、增殖、凋亡的影響,探究得出METTL3作為預后因子在HB細胞中起關鍵調節作用,繼而在動物水平,建立NC組和shRNA敲低組,觀察腫瘤形成的大小,闡明METTLL3在腫瘤的發生發展中起重要調節作用,表型闡述后進一步在表觀遺傳水平,研究分子機制,通過m6a-Seq和生信分析尋找METTL-3的靶標結合CTNNB1。


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客戶提供:

? 僅限人、大鼠、小鼠物種的樣本,細胞核組織均可;

? 細胞,數量1-3x107個;

? 組織,所需10-30mg。

輝園苑提供:

? 用于m6a甲基化RIP實驗的抗體;

? Dot-blot檢測本底甲基化修飾RNA水平;

? MeRIP免疫共沉淀實驗;

? 高通量測序及生物信息學個性化分析;

? 完整實驗報告及原始數據結果。


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Metastasis。


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