HiChIP-染色體構象解析方法
2020.09.28
2424次

大家好,之前小編給大家介紹了ChIP(染色質免疫共沉淀)技術,圍繞以轉錄因子為核心,調取與該轉錄因子結合的基因啟動子,獲取的啟動子序列進行測序篩選或是Q-PCR驗證靶標基因,現在給大家帶來高維度的方法HiChIP(染色體構象捕獲技術),如何通過染色體的構象來分析解決基因調控間的關系。HiChIP(in situ Hi-C followed by chromatin immunoprecipitation):是一種以蛋白為中心的染色質構象分析方法,該方法將染色體構象捕獲與基于免疫沉淀和 tagmentation的文庫制備結合起來,能夠揭示圍繞目的蛋白的3D染色質結構。染色體是由基因和蛋白以及少許RNA構成的高度超螺旋結構,DNA與四種組蛋白構成八聚體,形成蝶狀核小體結構,蛋白包裹DNA成為染色體,可使得DNA收到良好的保護,從而基因的復制、轉錄、調控得以進行。對于調控基因轉錄的轉錄因子調控蛋白,都需結合到DNA上起作用,而染色質的3D結構會隨著細胞生命活動和生活周期發生變化,蛋白所有結合接觸的基因受染色質的空間構型所調節。


微信圖片_20200928171111.jpg


實驗流程


01??細胞體外交聯,細胞核內染色體與染色體間相互交聯結合;

02??預冷Hi-C裂解液重懸裂解,核質分離,獲取細胞核;

03??Biotin生物素DNA末端標記;

04??染色體超聲斷裂,以轉錄因子調控蛋白為中心,調取Hi-C結合復合物;

05??反向交聯,磁珠吸附交聯中心蛋白、染色體復合物、生物素DNA;

06??DNA純化獲取。


這樣和大家介紹可能太抽象,

下面以實例來說明該方法是如何運用的~


應用場景:調控因子作用機制探索

文章內容研究方向:啟動子相關染色質相互作用分析揭示了子宮內膜癌危險位點的生物學相關候選靶基因

第一步:以H3K27Ac為中心蛋白,運用HiChIP分析確定子宮內膜細胞系中啟動子相關染色質環,確立子宮內膜細胞系中染色體結合環的數量。


微信圖片_20200928171123.jpg

HiChIP啟動子環豐富了子宮內膜癌的遺傳性



第二步:通過Hi-C技術揭示-HiChIP啟動子循環揭示子宮內膜癌危險位點的103個候選靶基因。


微信圖片_20200928171128.jpg


啟動子相關染色質環識別9p21.3位點的HiChIP靶基因。啟動子相關環與子宮內膜癌風險(紅色)交叉,顯示與mir31hG(INE6E7hTERTARK-1細胞)、CDKN2A(E6E7hTERT和ARK-1細胞)、CDNK2B-AS1(E6E7hTERT和ARK-1細胞)和CDKN2B(ARK-1細胞)相互作用的環(紫色)。CDK2NA和非編碼反義基因CDKN2B-AS1編碼在相反的DNA鏈上,并共享一個啟動子。

第三步:篩選候選基因


微信圖片_20200928171133.jpg


綜合分析:

以子宮內膜癌為腫瘤方向,篩選子宮內膜癌細胞系中染色體互作結合引起的潛在調控基因,建立染色質環數據,能夠分析所有已知的子宮內膜癌風險位點,并確定生物學上相關的候選靶基因。



功能基因篩選是博士苑科研服務的優勢平臺,本文介紹的Hi-C技術也是用于篩選臨床疾病相關潛在風險位點和靶標基因,以染色體結構為基礎,調控因子或轉錄因子為樞紐,尋找篩查相關結合靶點,為臨床診斷或預后模型建立靶點庫。


我們公司提供:

1.轉錄因子與啟動子預測結合;

2.增強子預測分析;

3.Hi-Chip實驗(種屬:人、小鼠,細胞量:5x105即可,蛋白:H3K27ac);

4.高通量測序;

5.完整實驗報告及解析。



微信圖片_20200928171212.jpg

— 如有相關需要,歡迎掃碼咨詢 —


在線咨詢
在線咨詢
OA系統入口
日本十大色情片 - 视频 - 在线观看 - 电影影院 - 品赏网